Sverige är en sekulär stat, men det finns fortfarande frågor där stat och religion behöver skiljas år. De viktigaste finns beskrivna i Humanisternas idéprogram.
Alla har rätt att själv välja livsåskådning. Ingen ska ha rätt att påtvinga någon annan sin livsåskådning eller inkräkta på någon annans frihet med hänvisning till sin egen livsåskådning. Alla livsåskådningsorganisationer ska ha samma rättigheter och skyldigheter.
Alla ska ha möjligheter till sekulär krishantering och sekulära ceremonier, oavsett var i landet de bor. Verklig religionsfrihet kan bara uppnås i en sekulär och demokratisk stat.
Idag dominerar religiösa samfund utbudet av resurspersoner vid offentlig krishantering, t.ex. i räddningstjänsten, kriminalvården och försvaret. Ofta saknas sekulära alternativ.
Svenska kyrkan har en särskilt privilegierad ställning bland trossamfunden. Det finns även starka band mellan andra trossamfund och offentlig verksamhet. Vissa trossamfund får exempelvis hjälp av staten att driva in sina medlemsavgifter.
Staten ger i dag stöd till trossamfund för att de ska bedriva religiös verksamhet i form av gudstjänst, själavård och undervisning. Villkoret för det statliga stödet är, enligt lagen, att trossamfunden bidrar till att upprätthålla och stärka de grundläggande värderingar som samhället vilar på. Flera av samfunden har emellertid uppfattningar som står i konflikt med dessa värderingar, inte minst vad gäller synen på jämställdhet, sexuell läggning och könsuttryck. Statens stöd riskerar därmed att fungera kontraproduktivt i förhållande till de ideal den säger sig vilja främja.
I vårt moderna samhälle önskar många markera viktiga händelser i livet på ett personligt sätt. Många unga önskar sekulära alternativ till religiös konfirmationsundervisning för att möta sina behov av samtal kring vuxenliv och identitet. Även många vuxna har behov av samtal om existentiella frågor och efterfrågan på sekulära begravningar ökar. Endast medlemmar i Svenska kyrkan har rösträtt och är valbara till de nämnder som hanterar alla svenskars rätt till begravningslokaler och begravningsplatser. Religiösa organisationers sätt att utöva myndighet vid t ex vigsel står ibland i konflikt med diskrimineringslagstiftningen.